El Seminario Conciliar de Orihuela como proyecto, tiene su origen en el Decreto sobre la fundación de Seminarios del Canon 18 de reforma de la sesión XIII del Concilio de Trento. Debido a los problemas de la nueva Diócesis de Orihuela (creada en 1564) y su posterior organización, junto al deficiente funcionamiento de los seminarios existentes, se retrasó su fundación hasta después de que el papa Inocencio XIII actualizara el deseo tridentino por la Bula “Apostololici Ministerii” del 13 de mayo de 1723.

        El diseño y realización para la Diócesis de esta institución perteneció a D. Juan Elías Gómez de Terán, obispo de Orihuela desde 1738 hasta 1759. Primero fundó el Seminario de San Miguel para sacerdotes operarios en 1740, y en el año 1742 creó otro Seminario en el mismo lugar junto al ya existente para jóvenes de carrera eclesiástica, dándole por titular a la Purísima Concepción. Ambos Seminarios se unificaron en el año 1744 por Bula de Benedicto XIV de 7 de marzo de 1743 y la Provisión del rey de España Felipe V el 28 de mayo del mismo año. La nueva institución pasó a llamarse: Seminario Conciliar de la Purísima Concepción y Príncipe San Miguel. El 7 de marzo de 1742, el fundador publica una carta pastoral donde da a conocer la nueva institución, a la que dotó de buenas rentas y unas detalladas constituciones. Desde este momento nadie debía ordenarse sin haber estado antes durante un mínimo de seis meses en el Seminario.

        El obispo D. José Tormo (obispo de Orihuela desde 1767 hasta 1790) añadió por levante un nuevo edificio y enriqueció el conjunto con una excelente biblioteca, uno de los valores culturales más importantes que conserva hoy el seminario. Las materias que componen el fondo son muy variadas, fiel reflejo de la reforma educativa de los seminarios llevada a cabo por Carlos III en 1768. Este monarca creyó que unos eclesiásticos bien formados intelectualmente elevarían el nivel cultural de sus reinos. D. Pedro María Cubero (Obispo desde 1859 hasta 1881), añadió el salón de actos y abasteció de agua potable a todo el seminario. 

        Desde el punto de vista artístico, el seminario de Orihuela es una obra austera y funcional. Su construcción se inició a mediados del siglo XVIII, realizándose sucesivas ampliaciones hasta mediados del siglo XIX. Lo más destacado del conjunto es la fachada sur, donde se encuentra la doble portada barroca con diversos conjuntos de alto relieve: el escudo de armas del fundador; la Inmaculada Concepción y San Miguel luchando contra el dragón, titulares del seminario; el corazón de Jesús (de abajo hacia arriba). La capilla es de estilo barroco. Desde el lugar se divisa una amplia panorámica de la huerta oriolana.

El 15 de agosto de 1889 se fundó, siendo obispo D. Juan Maura y Gelabert, el Colegio de Vocaciones Eclesiásticas de San José para seminaristas de clase humilde, situado en el lugar que hoy ocupan las dominicas de Orihuela. El obispo D. Javier Irastorza lo convirtió en Seminario Menor en 1925 hasta la última guerra civil española. Durante la contienda el edificio del seminario fue usado como cárcel de los diferentes bandos, siendo recuperado el edificio por la mitra orcelitana tras la contienda y destinado nuevamente a su tarea original de formar a los futuros sacerdotes. En la actualidad estudian en él alumnos de ESO, Bachillerato y los dos primeros años de Estudios Eclesiásticos.El Teologado de Alicante se abre en el año 1969, siendo obispo de la diócesis D. Pablo Barrachina, con capacidad para 40 seminaristas mayores. Desde entonces se cursan allí los cuatro últimos años de preparación al ministerio sacerdotal. Por decreto de la Sagrada Congregación para la Educación Católica del 3 de marzo de 1976, el Seminario Mayor se afilió a la Facultad de Teología San Vicente Ferrer de Valencia.